党政综合办公室

负责研究院日常运转、对外联络，承担外来文、公文、机要、合同管理、用印、接待、信访、安全、大事记、办公用品、用车、法律事务、统计管理；负责党政联席会、院务会会务；负责值班管理、考勤管理、突发事件综合协调；负责人事管理、人才招聘、培训；负责工会工作；负责配套公寓用房管理；负责信息化系统建设维护网络、通讯管理。负责联系法律顾问。

科研管理办公室

负责科研项目管理、质量体系、学术交流；负责实验室和海试条件建设管理；负责保密和保密室建设管理；负责院企合作、成果转化、知识产权管理；负责国际交流合作；负责建立和完善科研管理及成果转化相关规章制度。

人才培养办公室

负责海南专项研究生招生、教学、培养等工作；负责导师队伍建设管理；负责学生的思想教育、日常管理和心理健康；负责学生入党和党团组织管理；负责学生创新创业及实践实训活动；负责学生就业；负责学生奖助学金；负责海南省本科招生宣传；负责建立和完善教育教学、学生工作等相关规章制度；负责网站和公众号运营；负责综合性材料起草和审核。负责联系教育教学督导组。

财务资产办公室

负责预算制定、监督执行管理；负责财务收支管理；负责向上级主管单位或管理部门报账管理；负责内部财务管理制度的制定；牵头建立和完善内控制度；负责国有资产管理，监督财务工作和国有资产保值增值工作；负责审计工作。负责联系财务咨询服务公司。